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結論を先出しする
まず結論。Sequel Pro無罪でした。
文字コードが誤っていました
mysqlのテーブルのエンコーディングがUTF8mb4までは正しかったんですが、
照合順序が utf8mb4_general_ci じゃダメだった模様。
正解は utf8mb4_bin 。
結果SQLダンプファイル内のカラムがごっそりバイナリにエンコードされ、ダンプファイルを直にいじってごじょごじょできなくなりますが(多分何らかのエディタで可能w)
少なくとも運用サーバのデータを開発サーバに吸い上げる場合は幸せになれました。